渚與業這次挑戰的是「劫持太空站」這個超乎常識的任務。他們能否平安地得到能拯救殺老師的研究資料……？

炸掉月球、又公開宣布即將於明年炸掉地球的神祕超破壞生物，突然表示要來日本的私立學校‧椚丘中學擔任放牛班３年Ｅ班的導師！為了化解地球的危機，日本政府決定訓練這個班級的學生來完成「殺死老師」這個重大的使命，同時祭出一百億圓的高額獎金提升大家的動機！一場老師＝暗殺目標、學生＝暗殺者的超現實日常喜劇即將開始──！

炸掉月球、又公開宣布即將於明年炸掉地球的神祕超破壞生物，突然表示要來日本的私立學校‧椚丘中學擔任放牛班３年Ｅ班的導師！為了化解地球的危機，日本政府決定訓練這個班級的學生來完成「殺死老師」這個重大的使命，同時祭出一百億圓的高額獎金提升大家的動機！一場老師＝暗殺目標、學生＝暗殺者的超現實日常喜劇即將開始──！

Ｅ班學生領到的新體育服，是號稱擁有世界最佳性能的產物。學生們的暗殺領域瞬間拓展開來，但卻有黑影悄悄逼近……殺手「死神」來襲！

正在放暑假的Ｅ班突然遭遇病毒式恐怖攻擊！沒被感染的學生，為了奪回治療藥物，潛入了犯人所在的飯店裡。他們的暗殺技術是否真的對正牌殺手管用？

殺老師涉嫌偷內衣褲!?殺老師為了取回學生們的信賴，開始調查犯人的真實身分。想不到，這又是「他們」設下的陷阱──!!

殺老師最大的弱點是水!?Ｅ班的學生們正伺機發動水攻，想不到此時卻出現叛徒來搞破壞。而協助他的人，就是那２個人──!!

進入暑假，Ｅ班來到南島。在這裡他們準備用前所未有的大規模暗殺計畫來暗殺殺老師。暗中進行準備的學生將會有什麼樣的表現？

學生們終於與殺老師感人肺腑地重逢了。然而自劇烈憎惡而生的２個怪物卻緊追而來。最後一戰的結果將會如何？學生們又會做出什麼決定──